S PODPOROU MĚSTA

V prvním ročníku druhé ligy (1998-99) obsadila Boleslav 9., o rok později 11. a v ročníku 2001-2 dokonce s trenérem Josefem Hlouškem bojovala o postup, i když zůstala na třetím místě za postupujícími Českými Budějovicemi a Zlínem. V té době se již projevovali změny ve vedení FK Mladá Boleslav, který měl v čele Josefa Dufka a získal výraznou podporu města a firem Gema s.r.o. a Realstav. Začala přestavba městského stadionu, fotbal se přestěhoval na hrací plochu č. 2, ze které vznikl útulný fotbalový areál pro 4 tisíce diváků sedících pod střechou dvou nových tribun. Klub byl přetvořen v akciovou společnost.